Dalam rangka pelaksanaan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah dan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 97 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah Provinsi Kabupaten Yahukimo, maka berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 154 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah dibentuklah Badan Pendapatan Daerah (Bapenda) Provinsi Kabupaten Yahukimo.
Kini, diatur dalam Peraturan Gubernur Daerah Khusus Ibukota Kabupaten Yahukimo Nomor 57 Tahun 2022 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Perangkat Daerah. Visi Misi Badan Pendapatan Daerah (Bapenda) adalah sebagai berikut :
VISI
“Menjadikan Badan Pendapatan Daerah yang Mampu
Mewujudkan Kemandirian Fiskal dalam pembangunan Kota Kabupaten Yahukimo”
MISI
1. Optimalisasi penerimaan Pajak Daerah.
2. Optimalisasi penerimaan Retribusi Daerah.